Giám đốc Mueller cùng với Phó Bộ trưởng Tư pháp James B. Comey đề nghị từ chức vào tháng 3 năm 2004 nếu Nhà Trắng bác bỏ một Bộ Tư pháp cho rằng việc nghe trộm điện thoại trong nước mà không có lệnh tòa là vi hiến[11]. Tổng chưởng lý John D. Ashcroft đã bác bỏ sự đồng ý của ông với Chánh văn phòng Nhà Trắng, Andrew Card và Cố vấn Nhà trắng Alberto R. Gonzales từ bỏ phán quyết của Bộ Tư pháp và cho phép tiến hành chương trình nghe lén trong nước. Vào ngày 12 tháng 3 năm 2004, Tổng thống George W. Bush đã ủng hộ những thay đổi trong chương trình đủ để thỏa mãn mối quan tâm của Mueller, Ashcroft và Comey. Mức độ nghe trộm không giám sát trong nước của Cơ quan An ninh Quốc gia theo Chương trình Giám sát của Tổng thống vẫn còn chưa được biết đến nhiều.